財政部賦稅署近日查獲多家醫療診所漏報鉅額自費業務收入，包括醫美診所、眼科診所、牙科診所及人工生殖診所等，診所合夥人漏報綜合所得稅！賦稅署透露，甚至有好幾家診所單一年度漏報的 收入金額「高達上千萬元」！
這些明目張膽的業者一經被查出漏稅，賦稅署秉持法規公義，將之移請管轄稽徵機關，依法補稅並處罰。但是，如果還沒有調查前、或被檢舉前，自行依稅捐稽徵法第48條之1規定，自動補報並補繳所漏稅款及加計利息者，得免予處罰。
財政部賦稅署13日表示，醫美診所、眼科診所、牙科診所及人工生殖診所等醫療診所，提供非健保給付的醫美療程、眼科手術、齒列矯正、植牙及人工生殖療程等自費醫療服務，相關收費常達數萬元至數十萬元不等，且屬病患自費負擔項目、經常以現金交付，稽徵機關不易掌握相關自費收入，讓醫美診所常有隱匿、並漏報業務收入情形。
賦稅署稽核單位廣泛蒐集相關資料及審慎查證，近期查得多家醫療診所漏報自費業務收入情形嚴重，單一年度漏報收入金額有超過千萬元的案例，賦稅署官員經減除相關成本及必要費用後，核定診所合夥人漏報高額之執行業務所得，並依法補稅處罰。
賦稅署表示，為促進納稅義務人依法誠實納稅並維護租稅公平，將持續針對診所之自費醫療服務收入加強查核遏止逃漏稅，呼籲醫療診所為病患施作自費療程之收入，均應依法申報業務收入，倘經查獲短漏報情事，將依法補稅並處罰。
財政部特別提醒納稅義務人，應誠實申報繳納，勿心存僥倖，以免觸法受罰。
近日財政部賦稅署查獲多家醫美、眼科、牙科及人工生殖等醫療診所大額漏報自費收入，核心涉及多項稅法與法規義務。首先，診所對自費醫療服務（如醫美療程、植牙、矯正、人工生殖等）取得之對價，依法屬營業行為，也違反商業會計法要求之真實入帳義務。
其次，診所及其合夥人對自費收入亦應依所得稅法第14條第1項第2類規定，將收入扣除必要成本及費用後，申報執行業務所得；若採合夥模式，收入按分配比屬各合夥人成員之個人所得，應申報綜所稅。本案中，賦稅署於查核時常以診所現金流、刷卡資料、療程紀錄、材料耗用與病患預約紀錄比對申報資料，依所得稅查核準則及相關財政部解釋函令，核定實際所得後補稅。倘經查獲漏報，稅捐稽徵法第41條規定須補稅及處所漏稅額1至2倍罰鍰，並按稅捐稽徵法第48條之1加計利息；然而，在尚未遭查獲或未接獲調查通知前，如納稅義務人依稅捐稽徵法第48條之1主動補報補繳，可免予處罰。
綜上，本次查核行動之法律基礎涵蓋所得稅法、商業會計法、所得稅查核準則、稅捐稽徵法及行政解釋，顯示自費醫療收入之申報義務具有完整法律體系規範。診所應正確區分免稅與應稅醫療行為、確實記錄收入與合夥分配、妥適保存憑證與帳簿，以確保所得與營業稅申報合規。若先前確有疏漏，也宜及早評估是否採自動補報，以降低後續查核時之法定風險。
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