財政部臺北國稅局表示，營利事業處分國內基金之損失，屬所得稅法第4條之1規定之證券交易損失，不得自營利事業所得額中減除。
該局進一步說明，依所得稅法第4條之1規定，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。營利事業向國內證券投資信託事業或金融機構購買之基金，以基金註冊地來區分，可分為國內基金及國外基金，國內基金係在國內註冊發行之基金，其處分損益不併計營利事業所得額，而係依所得基本稅額條例第7條第1項第1款及第2項規定，如為處分利得者，應計入基本所得額；如為處分損失者，得自損失發生年度之次年度起5年內，從當年度停徵所得稅之證券交易所得中減除。至國外基金則係在我國以外地區註冊，經金融監督管理委員會證券期貨局核准後在國內銷售之基金，其處分損益，不適用上述停徵所得稅之規定，應併入營利事業所得額計算課稅。
該局舉例說明，甲公司113年度營利事業所得稅結算申報，列報投資損失新臺幣（下同）800萬元，經查其內容係出售乙證券投資信託公司在國內註冊發行基金受益憑證之損失，該基金之註冊發行地在國內為國內基金，係屬所得稅法第4條之1規定停徵證券交易所得適用範圍，因此其交易損失不得自營利事業所得額中減除，應留供以後年度計算基本所得自當年度停徵所得稅之證券交易所得減除，該局乃核定調增甲公司113年度課稅所得額800萬元，補徵稅額160萬元。
該局呼籲，營利事業列報處分國內、外基金之損益，應特別留意相關法令之認列規定，以免遭調整補稅。
營利事業投資基金所產生之處分損益，其稅務處理應先辨識基金之註冊發行地，以區分屬國內基金或國外基金。其中國內基金受益憑證之處分損益，屬所得稅法第4條之1規範之證券交易範圍，相關利得停止課徵所得稅，損失亦不得自營利事業所得額中減除；惟該損失得依所得基本稅額條例規定，於規定年限內自停徵所得稅之證券交易所得中扣除。至於國外基金之處分損益，則應併入營利事業所得額計算課稅。
因此，企業於辦理營利事業所得稅結算申報時，除應正確認定基金性質外，亦應建立完整之投資標的分類及稅務追蹤機制，以避免誤將國內基金處分損失列報為可減除之投資損失，而產生補稅及相關行政風險。
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